Chirurgia refluxului se efectuează de obicei în două moduri principale:

1. Fundoplicație: cu această procedură, pliul din partea superioară a stomacului (fundus este înfășurat în jurul esofagului, iar acest lucru ajută la reducerea refluxului prin prevenirea vărsării conținutului gastric înapoi în esofag.
2. Crurorafie: reprezintă îngustarea chirurgicală a deschiderii în care esofagul iese din mușchiul diafragmei și intră în abdomen. Se efectuează cu fundoplicație și tehnică laparoscopică.

Chirurgia refluxului se aplică, de obicei, pacienților cu reflux sau hernie gastrică care nu pot fi controlați medicamentos sau nu răspund la tratament.